Для поиска и каких-либо действий над дубликатами файлов на дисках в Linux есть замечательная утилитаfdupes

Вкратце опишу, как с ней работать (на примере Ubuntu):

Ставим sudo apt-get install fdupes

Изучаем man fdupes 🙂

Ищем в указанной директории дубликаты fdupes -r ./dir > list.txt

Удаляем первые из найденых дубликатов fdupes -r –delete –noprompt ./dir